尽管孙身居高位，胸怀宏图大略，但事实上，他是广州军阀的阶下囚。1918年4月，他失去了大元帅的称号，5月间，他被迫辞职。他与宋庆龄重返上海。1918年5月3日，庆龄在她父亲临终前及时回到他的病榻前，当时她父亲年仅52岁。
　　
　　此后孙夫妇留沪两年。在那里，庆龄和孙中山一起编辑出版孙过去发表的演说和文章。这不是一件轻而易举的事，因为各方面的人孙都不能得罪。庆龄告诉埃德加·斯诺说：
　　
　　“他有时说话是很保守的，这是为了投合听众的口味，因为他需要那些保守派的支持；他对文集内容的选择也很小心，以避免分裂他的追随者。我们必须谨慎地选择达到目的的途径，他经常这样提醒我，‘要用中国的办法，绕弯子，千万不可直截了当。’”
　　说起孙的演讲，庆龄把头一仰笑着说：“他都是即席讲话，完全根据当时政治形势和不同的听众而定。我在主席台上坐在他的旁边，紧张得如同热锅上的蚂蚁，不知道他下面要说些什么。”从这一段话中，我们可以看出，正是庆龄帮助孙澄清了一些时而产生的模糊思想，并促使他在以后的岁月中立场更加激进。
　　
　　度过两年的平静生活之后，局势的发展使庆龄和孙突然再下广州。1920年10月，孙的一个同盟者在广州夺取了政权，邀请孙夫妇回去。
　　
　　在此期间，中国其他地方发生的一些重大事件，对中国历史，同时也对孙和庆龄的思想行动，产生了决定性的影响。
　　
　　1921年7月，中国共产党在上海成立。与会者中有毛泽东。被选为总书记的陈独秀并未出席，当时他正在广州与孙中山一起工作。陈是当时中国首屈一指的马克思主义知识分子，被任命为教育部长。他是在中国任何一届政府中任职的第一个马克思主义者。孙中山借此项任命及其他手段来与他政权中的国民党保守分子的压力抗衡。
　　
　　孙中山是想以广州为基地北伐，而广州的商人却不满于用他们的钱来统一中国，他们组织了一次反对孙的叛乱。1922年6月15日，叛军向孙的官邸卫队开火。显然，此事出乎孙一家的意料。两天以前，庆龄的姐姐蔼龄和她的幼女罗莎蒙德（以庆龄两个美国名字之一命名）还住在孙夫妇家里。庆龄还要求蔼龄把她的女儿留在广州多住几天。
　　
　　庆龄写了一篇题为《广州脱险》的纪实，许多中国人将此文视为经典著作。这是已发表的记叙她所经历的种种危险的唯一文章：
　　
　　“6月16日凌晨2时许，我正在酣梦中，忽被孙中山先生喊醒。他催我速起整装，说形势危急，必须逃离……。
　　
　　“我想带着一个女人出走很不方便，我请求他暂时把我留下。我对他说，我是个老百姓，不致有危险。最后他才认为我言之有理。但他把50名卫队全部留下来保护我，然后只身离去。
　　
　　“他走后半小时，……附近枪声四起，……叛军从两侧踞高临下向我们的住宅射击，大喊‘打死孙文！打死孙文！’伸手不见五指，看不清敌兵，我们的小卫队只好按兵不动，在黑暗中我只能模糊地看到卫队蹲伏的身影。
　　
　　“黎明时，卫队开始用来福枪及机关枪与敌人对射。敌方却用野炮向宅中射来，有一发炮弹击毁了我们的澡房。卫队伤亡已有三分之一，但其余的人仍英勇作战，毫不畏缩。有一位侍从爬到高处，挺身而战，一连不知击毙多少敌人。到了8点，我们的军火几乎用完，卫队停止回击，只留几盒子弹，等候着最后的决斗。
　　
　　此时情势，勾留也没有意义了。队长劝我下山，为唯一安全之计。其余卫兵，也劝我逃出，而且答应要留在后方防止敌人追击……。听说这50名卫兵竟无一幸免于难。
　　
　　“同我走的有两位卫兵和姚观顺副官长。我们4人，手里拿着一些零碎，在地上循着那桥梁式的过道爬行。这条过道，正有枪火扫射，我们听见四面流弹在空中飞鸣，有两次子弹由我鬓边掠过，险些受伤……。
　　
　　“自上午8时至下午4时，我们无异葬身于炮火连天的地狱里。流弹不停地四射。有一次在我离开房间几分钟后，房顶中弹，整个陷下。
　　
　　“到4时，向守中立的魏邦平师长派一军官来议条件。卫兵提出的第一条就是让我平安出险，但那位军官说他不能担保我的安全，因为袭击的不是他的军队，而且连他们自己的官长都不能约束他们。正在说话间，前面两层铁大门打开了。敌人一轰而进，我们的士兵子弹已竭，只好将枪放下。我只见四周这些敌兵拿着手枪刺刀指向我们。顿时就把我们手里的一些包裹抢去，用刺刀刺开，大家拼命地乱抢东西。我们乘这个机会逃开，奔入两队对冲的人丛里，一队是逃窜的士卒，另一队是由大门继续闯进来抢劫的匪兵。幸而我头戴着姚副官的草帽，身上又披着中山先生的雨衣，才从那混乱的人群里脱险而出。
　　
　　“我再也走不动了，凭两位卫兵一人抓住一边肩膀扶着走。我心想再也熬不过了，请他们把我枪毙。四周横七竖八躺着的都是死尸，有的是党员，有的是居民，脑部刺开，断腿失臂地横躺在街上的血泊中。这时，我看见一个极奇异的景象，就是两个人在街道的屋檐下相对蹲着，我们奔过时，看见他们眼睛不动，才知道他们已死了，也许是因为被一颗流弹击毙的。
　　
　　“正走之时，忽有一队士兵由小巷奔出，向我们一头射击。同行的人耳语叫大家伏在地上装死。那些匪兵居然跑过去，到别处去抢劫了。我们爬起来又跑，卫兵劝我不要看路旁的死尸，怕我要昏倒。大约过了半小时，枪声渐小，我们跑到一家矮小的农舍去躲避，屋中的主人要赶我们出来，因为怕受连累。正在此时，我昏倒在地。
　　
　　“醒过来时，两位卫兵正在给我浇冷水，给我扇扇子。其中一个卫兵跑出门外去观动静，就在这一刹那间，忽然一阵枪声，在屋内的那个卫兵赶紧把门关上，并小声报告我外面的卫兵中弹，也许殒命了。
　　
　　“枪声沉寂之后，我化装成村妇，那个卫兵扮作小贩，离开这间农舍。途中，我拾起一只篮子和几根菜叶，把它提在手中。也不知走了多少路，最后我们来到了一位同志的家中，就在这家过夜。这间屋早晨已被陈炯明的军队搜查过，因为有嫌疑，但是我再也无力前进，就此歇足。那夜通宵闻见炮声，……最后才听见战舰开火的炮声，才使我顿释重负，知道中山先生已安全无恙了……
　　
　　“次日凌晨，仍旧化装为村妇，我逃到沙面，由一位铁匠同志替我找了一艘小汽船，我与卫兵才到岭南，住友人家。在河上，我看见几艘满载抢掠品及少女的船只，被陈炯明的军队劫往他处。后来听说有两位相貌与我相似的妇人被捕监禁。我离开广州真巧，因为那天下午，我借宿的友人家又被搜查了。
　　
　　“那天晚上，经过生死搏斗，我终于在舰上与中山先生重逢。后来我又化装去香港，搭轮来沪。”
　　
　　在逃难中，庆龄本已有孕在身，终致流产，失去了她唯一的孩子。
　　
　　国内外风云变幻，在国际上，布尔什维克的革命已巩固下来，而且它对中国的事态发展怀有极大的兴趣。庆龄和孙日益倾向布尔什维克主义，寻找出路。孙中山的转变是由于对西方列强的幻想不断破灭而形成的。